Project 64 ha malware?
Tuttavia, fino alla versione 2.2, c'erano grossi problemi di sicurezza nell'installazione di Project64 tramite il suo programma di installazione ufficiale dopo numerose segnalazioni sui siti web dei social media degli installatori contenenti malware. Fortunatamente, nel luglio 2016, questo codice malware è stato rimosso sia dal codice sorgente che dai suoi programmi di installazione.